Lo conseguí:
He estado mirando por ahí y he descubierto que el mensaje de error era el siguiente:
HTTP Error 406
Para evitar ese error hay que generar un archivo .htaccess o htaccess que contenga el siguiente código:
SecFilterEngine Off
SecFilterScanPOST Off
Después, en el PHP hay que decir nombre de usuario y contraseña de forma que queda de la siguiente manera:
<?php
//mover archivo de filereference
move_uploaded_file($_FILES['Filedata']['tmp_name'], "ftp://usuario:contraseñ
[email protected]/httpdocs/uploadDir/".$_FILES['Filedata']['name']);
chmod("./files/".$_FILES['Filedata']['name'], 0777);
?>
No se muy bien que es lo que hace (soy casi nulo en PHP) pero funciona!
Lo único que me queda ahora es saber como puede enviar un archivo en concreto desde la aplicaicón (quiero decir sin que el usuario tenga que seleccionarlo de un cuadro de dialogo) de manera automática.
La idea es que el SWF vaya subiendo archivos generados desde otra aplicación.
Imagino que esto es posible...
Gracias de nuevo por todo.